El área de Control Interno está dirigida por Olga Calderón Espejo.

Dentro de sus funciones se encuentra, controlar la efectividad de los métodos y medios adoptados para proteger los recursos, promover la exactitud y confiabilidad de la información financiera y administrativa, apoyar y medir el cumplimiento de los programas y comprobar la racionalidad de las operaciones en todas las actividades encaminadas al cumplimiento de la misión del Instituto, enmarcados en los principios de moralidad, economía, celeridad, eficiencia, equidad, eficacia y valoración de costos ambientales.